Los tres científicos mencionados con anterioridad representan la ruptura completa ante las ideas religiosas al referirse al cielo no al lugar donde vive Padre, Hijo y Espíritu Santo; sino al hogar de los planetas. Y dan un paso más al decir que la Tierra no es el centro de nuestro sistema, sino el sol. Correcciones posteriores dirían que las órbitas no son circulares, sino elípticas y muchos más descubrimientos serían realizados gracias al perfeccionamiento de objetos como el telescopio.
En tanto que Descartes, Bacon y Hume entregan a la filosofía y a la ciencia métodos basados en principios matemáticos que desafían a la creencia dogmática. No hay nada que una institución como la Iglesia pueda dar por verdadero; son los sentidos y el rigor metodológico que las matemáticas brindan las que daran certeza y una calidad de verdad a los fenómenos que el experimentador testifica.
René Descartes, Arriba. La Mattrie, por su parte, nos entrega los primeros indicios del concepto de somatización al iniciar una búsqueda de la relación entra la psique y el cuerpo, donde el alma es una modificación del instinto que de una u otra forma es parte del cuerpo y no una inspiración divina. En este tenor, el alma es desprovista de todo cariz moral, y la sensación, gobernada por el cuerpo material, es elevada a la forma correcta de llevar la vida. Si los pensadores medievales dieron los primeros pasos para empezar a diferenciar el pensamiento teológico del fiosófico, los primeros padres de la ciencia rompen por completo la idea de Dios y de la divinidad como dueña absoluta de la verdad y elevan al método como la forma correcta de experimentar y entender la realidad a la que nos enfrentamos.
En la Edad Media, el pensamiento religioso dominaba todas las esferas de la vida humana. Como dice el vídeo Fé y razón en la filosofía medieval , disciplinas como la literatura,el arte, la propia filosofía y la vida diaria estaban estrechamente ligadas al mando de la Iglesia Católica con sede en el Vaticano y al mando del Papa, que fungía en ese entonces más el cargo político-militar de un estado totalitario.
Dos figuras insertas en el mundo del pensamiento religioso marcarían la pauta de cómo se manejaban los pensamientos, en el caso de San Agustín de Hipona, y como habrían de empezar a evolucionar, como bien lo establecería Santo Tomás de Aquino. El primero establecería que el pensamiento religioso se impondría en el caso de una incongruencia en el conocimiento, la divinidad pesaba mucho más que la razón; pero el segundo, al combinar el pensamiento aristotélico con la teología, indicaría que la razón era el punto de partida para empezar a conocer, pero el pensamiento religioso tendría la última palabra. Este fue el inicio de la ruptura entre filosofía y pensamiento religioso.
Entre tanto, la Iglesia se encargaba, mediante el tribunal del Santo Oficio, de castigar a las personas que atentaran contra los preceptos de la Iglesia. Para la misma, el pecado consistía en contradecir los principios de la Iglesia de manera flagrante, considerando los mandamientos de la institución y los diez mandamientos. Pero también, ideas que no estaban precisamente consideradas en estos últimos preceptos, pero que los jerarcas eclesiásticos consideraban escandalosas o atentatorias para el bien de los feligreses. Fue entonces que conceptos como la brujería, la idolatría, la herejía y la posesión fueron considerados actos contra el bien público y la Iglesia y fueron castigados por la Santa Inquisición.
La idea de la posesión demoníaca permeaba en e inconsciente de la Edad Media y era la explicación a la conducta errónea o desviada del individuo, tanto en la pérdida de la consciencia o la interacción con la realidad, así como conductas sexuales contrarias a las del promedio de la población de la época, o incluso las que la Iglesia consideraba como pertienentes, como es el sexo sólo con fines reproductivos y no recreativos.
Para las ciencias de la conducta, las ideas de Santo Tomás de Aquino y otros teóricos ayudaron a acercarse al problema del alma desde un punto de vista razonable, Y la demonología y el fenómeno de la posesión pondrían especial atención en los problemas del alma atribulada. El error de la Iglesia como institución fue reaccionar de manera punitiva a las diferentes manifestaciones en la conducta de los individuos de la época, consideradas dignas de castigo más que de entendimiento, tratamiento y cura. Este acercamiento al trastorno mental seguiría de manera velada por la ciencia en siglos venideros. Aún cuando la psiquiatría trataría de curar estas conductas, otras manifestaciones como la homosexualidad o ciertas filias serían consideradas delitos o actos dignos del castigo.
El estudio de la mente cambia a medida que descubrimos nuevas esferas biopsicosociales en las que el ser humano se va desarrollando.